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甲基化测序

甲基化测序的优势

胞嘧啶甲基化可显著改变基因的时空表达和染色质重塑。使用新一代测序(NGS),全基因组分析和靶向方法都可以在单核苷酸水平上对甲基化模式进行深入研究。

甲基化测序的优势:

  • 了解人类基因组中CpG、CHH和CHG区域的甲基化模式
  • 利用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS),几乎可以查看大部分物种基因组中每个胞嘧啶的甲基化
  • 用少量DNA捕获完整的样本多样性
  • 靶向甲基化测序覆盖了经ENCODE、FANTOM5和表观基因组学路线图计划(Epigenomics RoadMap Consortium)确认的人类基因组中感兴趣的区域
使用NGS推进DNA甲基化研究

本电子书介绍了基因表达和调控研究。了解科学家如何利用甲基化测序和芯片方法来加速研究。

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全基因组甲基化覆盖度

亚硫酸氢盐测序的工作原理是什么?

许多方法利用了NGS的高质量和灵敏度来进行甲基化分析。大多数方法依赖DNA的亚硫酸氢盐转化来检测未甲基化的胞嘧啶。在文库制备过程中,亚硫酸氢盐的转化会将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶。在测序数据中,转化后的碱基会被识别为(PCR后)胸腺嘧啶,并使用read读数来确定甲基化胞嘧啶的百分比。

亚硫酸氢盐转化测序可以用扩增子methyl-seq、靶向富集或全基因组亚硫酸氢盐测序等靶向方法进行。此外,OxBS和TAB-Seq等替代化学技术也可以与NGS一起用于羟甲基化(5-hMc)的鉴定以及甲基化(5-mc)分析。

请参阅DNA甲基化分析领域指南,深入了解甲基化分析方法。

特色甲基化研究

表观遗传导致成瘾
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Marilee Morgan介绍了使用靶向甲基化测序将滥用药物者的表观遗传学特征与大脑影像扫描联系起来。

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甲基化和转移
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研究人员使用基于NGS的甲基化测序和芯片来研究癌症转移的表观遗传学。

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跑步者
甲基化与运动

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甲基化测序工作流程

目前世界上90%以上的测序数据是利用Illumina NGS技术产生的。*

Illumina提供了完整的甲基化测序工作流程,从文库制备到数据分析。

DRAGEN Bio-IT Platform for Methylation Sequencing Data Analysis

The DRAGEN Bio-IT Platform provides accurate, ultra-rapid methylation sequencing data analysis for epigentic studies with high coverage density.

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DRAGEN Bio-IT Platform for Methylation Sequencing Data Analysis

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特色文献

The DNA methylation landscape of Chinese hamster ovary (CHO) DP-12 cells.

J Biotechnol 199 38-46 2015

Single-cell DNA methylome sequencing and bioinformatic inference of epigenomic cell-state dynamics.

Cell Rep 10 1386-97 2015

Transient acquisition of pluripotency during somatic cell transdifferentiation with iPSC reprogramming factors.

Nat Biotechnol 33 769-74 2015

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Additional Resources

*根据Illumina公司2015年存档数据计算