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TruSeq Stranded Total RNA的物种兼容性

物种兼容性详情

TruSeq Stranded Total RNA专为人类、小鼠、大鼠和植物序列而设计,但也可能适用于各类真核生物物种。下表列出的生物经过了实验室检测并受Illumina的完全支持,通过了计算机模拟测试,或由我们的客户报告过。Illumina无法根据客户报告的结果确保rRNA去除效果。

如果您感兴趣的物种未列出,请联系Illumina技术支持,并提供您选择的生物体的rRNA序列。我们可以进行计算机模拟评估,帮助您确定该生物体是否与TruSeq Stranded Total RNA试剂盒兼容。我们在计算机中进行了设计评估,但Illumina无法保证rRNA的去除效果。

RNA测序的优势

RNA-Seq使用新一代测序技术分析全转录组的表达,使研究人员能够检测已知或新的特性并对RNA进行定量。

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TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat
TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Gold
生物经实验室测试计算机模拟测试客户报告备注
蜜蜂西方蜜蜂   尽可能采用最高质量的RNA。
原鸡   去除5S、18S和28S rRNA。未测试线粒体rRNA。
玻璃海鞘   去除18S rRNA。未测试其他rRNA。
希金斯炭疽菌   去除28S和5.8S rRNA。不能去除5S rRNA。未评估18S rRNA。
桡脚类物种   去除28S和18S rRNA。未评估其他rRNA。
    
盘基网柄菌   从高质量RNA中去除28S和18S rRNA。不能去除小rRNA。
    
林鼬    
家朱雀   去除5S和18S rRNA。不能去除18S rRNA。未测试线粒体rRNA。
面象虫赤拟谷盗    
青蛙非洲爪蟾    
果蝇果蝇属   不能去除5S rRNA或28S rRNA的“右侧”片段。
真菌黑曲霉   不能从降解的样本中去除18S rRNA的300 nt区域。尽可能采用最高质量的RNA。
真菌担子菌   尽可能采用最高质量的RNA。
真菌白色念珠菌    
真菌新型隐球菌   不能去除5.8S或5S rRNA。尽可能采用最高质量的RNA。
真菌解脂耶氏酵母   不能去除5.8S或5S rRNA。尽可能采用最高质量的RNA。
    
人类   除血液外的所有组织;血液样本使用TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Globin。
昆虫长红锥蝽   尽可能采用最高质量的RNA。不能去除线粒体rRNA。
七鳃鳗   尽可能采用最高质量的RNA。
海绵海甘蓝   尽可能采用最高质量的RNA。
(猕猴;食蟹猴    
(非洲绿猴;绿猴    
(恒河猴;普通猕猴    
蚊子冈比亚按蚊   去除18S rRNA。不能去除5S、5.8S和12S、16S线粒体rRNA。未测试28S rRNA。
小鼠   除血液外的所有组织;血液样本使用TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Globin。
线虫秀丽隐杆线虫   尽可能采用最高质量的RNA。
蝾螈绿红东美螈   可能不会去除5.8S或5S rRNA。尽可能采用最高质量的RNA。
恶性疟原虫   不能去除5.8S或5S rRNA。尽可能采用最高质量的RNA。
花鳉鱼   去除28S和18S rRNA。可能不会完全去除5S rRNA。
大鼠   除血液外的所有组织;血液样本使用TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Globin。
鲑鱼大西洋鮭   去除18S、5.8S和5S rRNA。不能去除28S rRNA。未评估线粒体rRNA。
海葵星状海葵   尽可能采用最高质量的RNA。
   去除28S、18S、5.8S和5S rRNA。
弓形虫   使用高质量RNA。
布氏锥虫   去除28S和18S rRNA。未评估其他rRNA。
大葱   去除18S rRNA。未测试其他rRNA。
斑马鱼斑马鱼    

TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Globin
生物经实验室测试计算机模拟测试客户报告备注
人类   仅用于血液样本;其他的所有组织使用TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat或TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Gold
小鼠   仅用于血液样本;其他的所有组织使用TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat或TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Gold
大鼠   仅用于血液样本;其他的所有组织使用TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat或TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Gold

TruSeq Stranded Total RNA-with Ribo-Zero Plant
生物经实验室测试计算机模拟测试客户报告备注
拟南芥   可使用叶片、种子和根。
鹰嘴豆鹰嘴豆   去除4.5S、16S、23S叶绿体rRNA和18S细胞质rRNA。不能去除5S叶绿体和5S细胞质rRNA。未测试其他rRNA。
玉米   可使用叶片、种子和根。
棉花    
真核绿藻衣藻   尽可能采用最高质量的RNA。
葡萄藤    
金银花忍冬    
玉米   可使用叶片、种子和根。
镜面灌木蔓臭叶木    
苔藓小立碗藓属    
微小原甲藻   去除28S和18S rRNA。未测试其他rRNA。
水稻   可使用叶片、种子和根。
大豆   可使用叶片、种子和根。
西红柿番茄    
叻沙叶越南香菜    
水三叶草苹属    
大葱   尽可能采用最高质量的RNA。
小麦   可使用叶片、种子和根。

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