Respiratory Virus Oligo Panel
通过全面、快速的靶向富集测序对常见的呼吸道病毒（包括COVID-19病毒株）进行高度灵敏的检测和表征。Read More...
利用Respiratory Virus Oligo Panel和Illumina RNA Prep with Enrichment，能让研究人员获得可确认SARS-CoV-2是否存在的新一代测序（NGS）数据，并继续开展变异分析等进一步研究。不可知论的设计支持广泛识别致病性呼吸道病毒。
通过杂交捕获方法进行靶向富集可实现高灵敏度的检测，而无需鸟枪法宏基因组测序所需的高read深度。此外，此方法能够获得近乎完整的目标序列数据，特别适于病毒进化或监测的变异分析等应用1。
与其他靶向重测序方法相比（如扩增子测序），通过杂交捕获进行富集可实现更大的探针检测范围，能对目标区域进行更全面的分析。此外，即使在高度变异区域，杂交捕获方案使用的寡核苷酸探针仍然有效，能靶向快速进化的病毒，例如RNA病毒。
这一全面的工作流程整合了样本制备、文库制备、靶向富集、测序和数据分析。此工作流程旨在从总核酸提取物中富集病毒靶点。
使用Illumina RNA Prep with Enrichment进行提取RNA的逆转录和文库制备，随后使用Illumina Respiratory Virus Oligo Panel进行富集。在Illumina NGS系统完成测序后，使用DRAGEN Pathogen Detection流程和IDbyDNA Explify平台进行数据分析。
| Respiratory Virus Oligo Panel | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit (Powered by IDbyDNA Explify) | |
|---|---|---|
| Assay Time | 文库制备时间< 9小时 | 文库制备时间< 9小时 |
| Automation Capability | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 |
| Content Specifications | 靶向约30种常见呼吸道病毒，包括SARS-CoV-2。 | |
| Description | 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的一体化工作流程，联合使用了RNA Prep for Enrichment与Respiratory Virus Oligo Panel（用于文库制备）、成熟的Illumina测序和简化的数据分析（在BaseSpace Sequencing Hub使用Pathogen Detection App或IDbyDNA Explify RVOP App）。 | 同时全面检测呼吸道病原体和抗菌素耐性药标志物的一体化工作流程。支持研究人员鉴定呼吸道感染和合并感染、鉴定抗菌素耐药性以及对重要病原体（SARS-CoV-2和流感病毒）进行菌株分型，以研究病毒进化和传播。 |
| Hands-on time | 文库制备时间< 2小时 | 文库制备时间< 2小时 |
| Input Quantity | 10-100 ng | 10-100 ng |
| Multiplexing | 使用唯一双标签序列，单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签序列，单次运行最多可分析384个样本 |
| Species Category | Virus, 人类 | Virus, 真菌, 细菌 |
| Species Details | 检测常见呼吸道病毒，包括最近的流感毒株和SARS-CoV-2。还包含作为阳性对照的人类探针，每个样本中均含有人类探针。 | Detects respiratory pathogens (180+ bacteria, 50+ fungi, and 40+ viruses, including SARS-CoV-2) and antimicrobial resistance alleles (1200+). |
| System Compatibility | MiniSeq , MiSeq , NextSeq 550 | MiniSeq , MiSeq , NextSeq 550 |
在滴定试验中，将病毒以拷贝数递减的方式（1000–2个）加标至人类唾液RNA中，结果显示Illumina RNA Prep with Enrichment可检测到低至2个拷贝的SARS-CoV-2。
| 系统 | 循环数 | Reads (M) | 运行时间(小时) | 每次运行的样本（每个样本1 M的reads） |
|---|---|---|---|---|
| NextSeq 550系统（高通量） | 150 | 400 | 18 | 最多400a |
| NextSeq 550系统（中通量） | 150 | 130 | 15 | 130 |
| MiSeq系统（v3试剂） | 150 | 25 | 21 | 25 |
| MiniSeq系统（高通量） | 150 | 25 | 17 | 25 |
| a. 表示每次运行的样本数量超过可用的标签数量。 | ||||
Application Note | PDF< 1 MB
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