Illumina DRAGEN Bio-IT Platform

llumina DRAGEN(Dynamic Read Analysis for GENomics)Bio-IT平台能够对新一代测序(NGS)数据进行非常快速的二级分析。Read More...
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On-Premise Server

Illumina DRAGEN Server v3

20040619

DRAGEN Server Lvl 1 1 year License

20060397

DRAGEN Server Lvl 2 1 year License

20060398

DRAGEN Server Lvl 3 1 year License

20060399

DRAGEN Server Lvl 4 1 year License

20060400

DRAGEN Server Lvl 5 1 year License

20060401


Cloud: Amazon Web Services

DRAGEN AWS Lvl 1 1 year License

20060402

DRAGEN AWS Lvl 2 1 year License

20060403

DRAGEN AWS Lvl 3 1 year License

20060404

DRAGEN AWS Lvl 4 1 year License

20060405

DRAGEN AWS Lvl 5 1 year License

20060406


Cloud: Microsoft Azure

DRAGEN Azure Lvl 1 1 year License

20060407

DRAGEN Azure Lvl 2 1 year License

20060408

DRAGEN Azure Lvl 3 1 year License

20060409

DRAGEN Azure Lvl 4 1 year License

20060410

DRAGEN Azure Lvl 5 1 year License

20060411

产品特色

Illumina DRAGEN Bio-IT平台可提供:
  • 准确的数据: 以高分析灵敏度和高特异性检测小变异1
  • 基因组数据的无损压缩: 利用DRAGEN ORA(Original Read Archive)无损压缩技术可将FASTQ文件大小缩小5倍
  • 可靠的速度: 在约25分钟内处理一个30X测序深度的人类基因组数据2,3
  • 经常更新: 包含定期改进和更新
  • 支持多种应用: 分析来自全基因组、外显子组和RNA的新一代测序(NGS)数据

BaseSpace Sequence Hub上的Illumina DRAGEN Bio-IT平台和数据提交应用程序还支持SARS-CoV-2 Data Toolkit。了解更多

DRAGEN产品

Illumina Connected Analytics上的DRAGEN

BaseSpace Sequence Hub上的DRAGEN

本地服务器上的DRAGEN



NextSeq 1000/2000上的DRAGEN

多种云端DRAGEN,提供自有许可

AWS Marketplace上的DRAGEN

超快速的分析

DRAGEN平台可以在25分钟之内以30倍的覆盖度在本地处理整个人类基因组的NGS数据,而传统的基于CPU的系统需要的时间超过15小时。其创造了基因组数据分析的两项世界速度记录。2,3

经济高效的解决方案

在Illumina BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上运行时,对于30X测序深度的基因组分析,费用约为5美元/样本,对于100X测序深度的外显子组分析,费用约为3美元/样本。

高度精确的结果

In the 2020 PrecisionFDA Truth Challenge V2, DRAGEN won Difficult to Map Regions and All Benchmark Regions on Illumina Sequencing data.1

多样化的应用

DRAGEN平台可分析全基因组、全外显子组、靶向panel、生殖系和体细胞数据集以及RNA测序实验的测序数据。

基因组数据的无损压缩

DRAGEN ORA(Original Read Archive)压缩技术针对FASTQ文件的高压缩比、快速压缩和解压缩,同时保持数据完整性进行了优化。

经常更新

经常更新,不断扩展并改进DRAGEN平台,能适应新的应用并满足不断发展的行业标准。DRAGEN的更新可通过版本来管理,用户可以根据需要选择加入或退出新的更新。

DRAGEN在PrecisionFDA Truth Challenge V2中赢得了关键奖项

Illumina DRAGEN团队非常高兴地宣布,他们在Illumina测序数据的难绘制区域和所有基准区域中展现了优于其他技术的性能。这标志着优化主要新功能的开始,包括结构变异、拷贝数变异和重复延长。我们的成功证明,我们现在能以更高的准确性检出难绘制区域中的变异。

了解更多

DRAGEN平台使各种规模和学科的实验室能够利用其基因组数据挖掘更多的信息。DRAGEN平台使用高度可重新配置的现场可编程门阵列技术(FPGA),通过加速硬件来实施基因组分析算法,例如BCL转换、定位、比对、分选、重复标记和单倍型变异检出。DRAGEN平台的基本功能解决了基因组分析中的常见难题,例如计算时间长和数据量大。

DRAGEN平台可在不影响精确度的前提下,实现快速、灵活和经济高效。DRAGEN平台的可重编程特性使Illumina能够开发自定义算法,还允许进行改进以便适于未来的应用。

关键DRAGEN应用

  DRAGEN On-Premise Server BaseSpace Illumina Connected Analytics NextSeq 1000/2000 Multi-Cloud Bring Your Own License
样本拆分(BCL转换)          
DRAGEN ORA lossless genomic compression          
定位和比对          
全基因组(生殖系和体细胞)       Germline only  
外显子组富集(生殖系和体细胞)          
COVIDSeq          
RNA Pathogen Detection          
RNA-Seq (基因融合和定量)          
Single-Cell RNA          
Joint Genotyping          
Methylation          
TSO 500 Liquid          
Metagenomics          
Pipeline Description Variant Types Detected Metrics Provided
DRAGEN Demultiplexing Rapid demultiplexing of NGS analysis N/A N/A
DRAGEN Compression DRAGEN ORA compression is optimized for high compression ratios of FASTQ files, as well as rapid compression and decompression, all while preserving data integrity. N/A
  • Compression Ratio
  • Run Time
DRAGEN Map + Align The DRAGEN Map + Align can be run as a standalone or as part of DRAGEN’s suite of pipelines N/A
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
DRAGEN Germline The DRAGEN Germline Pipeline provides end-to-end NGS analysis, including advanced error model calibration for increased accuracy, and repeat expansion detection and genotyping through Illumina Expansion Hunter.
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • Repeat Expansions
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Variant Metrics
  • Callability Report
DRAGEN Somatic The DRAGEN Somatic Pipeline includes tumor-only and tumor–normal modes, designed for detecting somatic variants in tumor samples. Both modes make no ploidy assumptions, enabling detection of low-frequency alleles.
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • TMB
  • MSI
  • HLA
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Variant Metrics
  • Callability Report
DRAGEN Enrichment The DRAGEN Enrichment Pipeline combines DRAGEN’s germline and somatic callers into a pipeline designed specifically for analyzing enrichment samples. Includes a full suite of enrichment metrics and reporting.
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Variant Metrics
  • Callability Report
DRAGEN RNA The DRAGEN RNA Pipeline performs transcriptome analysis starting with splice junction discovery and alignment, followed by rapid alignment and splice junction mapping and quantification. For differential expression, Illumina recommends the DRAGEN Differential Expression app on BaseSpace Sequence Hub.
  • Gene fusion
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Variant Metrics
  • Callability Report
DRAGEN Single Cell RNA The DRAGEN Single Cell RNA pipeline performs demultiplexing, cell-barcode and UMI error correction, sequence alignment, and quantification of gene expression. N/A
  • Mapping Metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Callability Report
  • Cell Metrics
DRAGEN Joint Genotyping The DRAGEN Joint Genotyping/Population Pipeline calls variants jointly across multiple genomes and scales to large cohorts of samples at expedited speeds with uncompromising accuracy.
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • Repeat Expansions
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Variant Metrics
  • Callability Report
DRAGEN Methylation The DRAGEN Methylation Pipeline performs alignment, methyl calling, and calculates alignment and methylation metrics. N/A
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Variant Metrics
  • Callability Report
DRAGEN Reference Builder Accepts FASTA files, and builds the proprietary reference used by the DRAGEN apps. N/A N/A
DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software Secondary analysis support for Illumina’s TruSight Oncology 500 ctDNA. Only available on the local DRAGEN Server (version 3)
  • SNV
  • CNV
  • DNA fusions
  • MSI
  • TMB
  • Mapping metrics
  • Duration Metrics
  • Coverage Metrics
  • Variant Metrics
  • Callability Report

Phosphorus的联合创始人兼首席执行官Alexander Bisignano介绍了该公司如何使用DRAGEN Bio-IT平台以可承受的价格在现场进行基因组数据分析。

阅读访谈录
SARS-CoV-2 NGS数据工具包

llumina通过提供免费的集成式软件工具包,帮助研究人员更轻松地检测和识别SARS-CoV-2,并将他们的发现贡献给社区。

了解更多
SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

BaseSpace Sequence Hub上的DRAGEN结合了DRAGEN平台的速度、准确性与BaseSpace Sequence Hub的安全性、经济和直观界面。

  • 适用于不同专业水平的按键式分析
  • 直接从仪器中传输数据并进行快速分析
  • 低成本,没有硬件投入
  • 利用BaseSpace Sequence Hub和Amazon Web Services(AWS)的安全性、合规性和存储功能

深入了解BaseSpace Sequence Hub

深入了解Illumina Connected Analytics

DRAGEN on BaseSpace Sequence Hub
 

与传统的基于CPU的系统相比,本地DRAGEN可以在短时间内进行二级分析,同时保持高精确度。

  • 在本地分析和储存数据
  • 支持不同水平的命令行界面
  • 可代替多达30个传统计算实例
  • 在25分钟内以30倍的覆盖度处理整个人类基因组的NGS数据
  • 一个装置可支持两个满负荷运行的NovaSeq系统

阅读数据表

DRAGEN On-Premise
 

机载DRAGEN Bio-IT平台可提供准确的超快速二级分析方案。

  • 多种DRAGEN生信分析工具可供选择
  • 两小时内就能生成结果
  • 提供优化的硬件加速算法,可用于各种基因组分析解决方案,包括BCL转换、基因组定位、序列比对、序列排序、重复标记和变异检出
  • 使用同类优秀的流程算法可减少对外部生信专家的依赖

阅读数据表

AWS和Azure上的DRAGEN使您可以在首选云端环境下访问虚拟镜像中的DRAGEN软件。

  • 采用与DRAGEN On-Premise Server相同的软件和命令行选项(不包括TSO 500流程)
  • 适合有意将DRAGEN流程整合进其现有云环境中的高级用户
DRAGEN On-Premise
View Video
DRAGEN-GATK Best Practices Webinar: A Deep Dive into Genomic Analysis Pipeline Improvements

In this webinar, Eric Banks of the Broad Institute describes some of the issues encountered while investigating the differences between DRAGEN and GATK tools, highlighting the improvements to methods implemented in the new Best Practices pipeline.

You’ll also learn how the team assessed functional equivalency between the open source and licensed (hardware-accelerated) version of the pipeline, showing results between the two methods on the same source input.

View Webinar Recording

GeneDx利用DRAGEN从外显子组扩展到基因组

借助DRAGEN,GeneDx现在能够在保持低成本、缩短周转时间和提高准确性的同时增长业务。

阅读文章
Rady儿童医院

该医院创造了最快基因诊断(19.5小时)的吉尼斯世界纪录。DRAGEN平台显著提高了测序后进行基因组数据定位和比对的速度。1

阅读文章
Xing Cancer Care

了解Basespace Sequence Hub和DRAGEN如何简化该实验室的NGS数据分析。

观看视频

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群体测序

快速分析测序基因组;随着计算工具的不断改进,加速重分析。

NICU和遗传病

在快速获得结果至关重要时,减少基因组分析所需的时间。

癌症研究

准确、快速地分析仅肿瘤和肿瘤/正常样本。

农业基因组学

利用所提供的参考资料分析具有不同基因组复杂性的动植物。

临床和转化研究

以快速的周转时间和高精确度分析靶向外显子组数据,确保重现性和高质量的结果。

参考文献
  1. PrecisionFDA Truth Challenge V2: Calling Variants from Short and Long Reads in Difficult-to-Map Regions. precision.fda.gov/challenges/10. Accessed November 3, 2020.
  2. Bio IT World. Children’s Hospital Of Philadelphia, Edico Set World Record For Secondary Analysis Speed. October 23, 2017. www.bio-itworld.com/2017/10/23/childrens-hospital-of-philadelphia-edico-set-world-record-for-secondary-analysis-speed.aspx. Accessed September 19, 2018.
  3. The San Diego Union Tribune. Rady Children's Institute sets Guinness world record. February 12, 2018. www.sandiegouniontribune.com/news/health/sd-no-rady-record-20180209-story.html. Accessed September 19, 2018.

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