单细胞RNA测序简介
复杂的生物系统由单个细胞的协同功能共同决定。 传统方法虽然提供了大量的基因组或转录组数据，但却无法揭示造成这种复杂性的细胞异质性。单细胞测序是一种新一代测序（NGS）方法，可检测单个细胞的基因组或转录组，提供细胞间变异的高分辨率视图。
高灵敏度的超低起始量和单细胞RNA测序（RNA-seq）法使研究人员能够探索复杂组织中单个细胞的不同生物学特性，了解细胞亚群对环境要素的反应。这些检测方法有助于研究细胞功能和细胞分化、增殖、肿瘤发生等依赖时间的过程中的异质性。
单细胞RNA-Seq的优势
单细胞和超低起始量RNA-Seq是研究转录组的强大工具，能以最小的样本起始量开展无偏差的研究。
- 对于高质量的样本，能以单细胞的起始量水平进行可靠的转录组分析
- 整合的方案直接从整个细胞开始进行，能保留样本的完整性
- 高分辨率的分析能够发现通常会被批量采样方法掩蔽的细胞间差异
单细胞测序与分析工作流程
单细胞测序可以揭示存在的细胞类型，以及单个细胞对复杂生物系统功能的影响。了解如何使用Illumina工作流程（从单细胞制备到分析）进行单细胞测序。
单细胞RNA数据分析
DRAGEN Bio-IT平台现在具有单细胞RNA流程，能够输出细胞基因表达矩阵，作为下游单细胞分析的起点。
主要特点包括：
- 超快速：约8000个细胞超过10亿read的分析时间少于40分钟**
- 广泛兼容：支持各种起始文库类型，输出通用的细胞基因表达矩阵，兼容下游分析工具
- 高效：一个工具即可完成从BCL文件到每个细胞表达定量的过程
单细胞RNA测序推动对发育生物学的理解
Cole Trapnell博士是TopHat、Cufflinks和其他广泛使用的生物信息学工具的主要开发人员。他与我们分享了他对理解细胞谱系的重要性的看法、所在实验室进行单细胞RNA测序的经验以及他对组合标签的应用。
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单细胞测序应用
单细胞测序的考虑因素、趋势和未来
NIHR盖伊和圣托马斯生物医学研究中心的实验室正在采用Illumina的技术进行单细胞基因组学研究，研究范围包括克罗恩病、花生过敏、细胞疗法、免疫疗法等。
单细胞RNA测序在免疫疗法研究中的应用
MD安德森癌症中心的Swetha Anandhan与Illumina及10x Genomics一起参加了此次在线讲座。她着重介绍了如何使用单细胞RNA测序来鉴定多形性胶质母细胞瘤中独特的巨噬细胞群，这群细胞在采用免疫检查点抑制剂治疗后仍然存在。
观看在线讲座
高通量和低通量方法
单细胞测序的方法可分为高通量方法和低通量方法。低通量方法采用机械操作或细胞分选/分离技术，每次实验可以处理几十到几百个细胞。
微流体技术的最新进展使高通量单细胞分析成为可能，利用该技术，研究人员可以在一次实验中经济有效地检测数百至数万个细胞。高通量测序和低通量测序方法均使用了Illumina边合成边测序（SBS）技术，该技术是最广泛采用的NGS技术，产生了全世界约90%的测序数据。*
单个神经元
James Eberwine解释了如何在体内使用单细胞RNA测序来研究单个细胞在复杂生物体的微环境中的功能。
超低起始量和单细胞RNA-Seq的高通量工作流程
Illumina Bio-Rad Single-Cell RNA Sequencing Solution将高度创新的Bio-Rad Droplet Digital™技术（ddSEQ™）与Illumina NGS文库制备、测序及分析技术相结合。通过这个灵敏、可扩展、高性价比的高通量工作流程，深入了解基因表达。
超低起始量和单细胞RNA-Seq的低通量工作流程
通过这个灵敏、可扩展、高性价比的高通量工作流程，深入了解基因表达。
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TGen的研究人员利用单细胞RNA测序来了解单个神经元如何参与记忆形成。
*根据Illumina公司2015年存档数据计算
**根据Illumina公司2020年存档数据计算
**根据Illumina公司2020年存档数据计算