单细胞RNA测序简介
复杂的生物系统由单个细胞的协同功能共同决定。 传统方法虽然提供了大量的基因组或转录组数据，但却无法揭示造成这种复杂性的细胞异质性。单细胞测序是一种新一代测序（NGS）方法，可检测单个细胞的基因组或转录组，提供细胞间变异的高分辨率视图。
高灵敏度的超低起始量和单细胞RNA测序（RNA-seq）法使研究人员能够探索复杂组织中单个细胞的不同生物学特性，了解细胞亚群对环境要素的反应。这些检测方法有助于研究细胞功能和细胞分化、增殖、肿瘤发生等依赖时间的过程中的异质性。
单细胞RNA-Seq的优势
单细胞和超低起始量RNA-Seq是研究转录组的强大工具，能以最小的样本起始量开展无偏差的研究。
- 对于高质量的样本，能以单细胞的起始量水平进行可靠的转录组分析
- 整合的方案直接从整个细胞开始进行，能保留样本的完整性
- 高分辨率的分析能够发现通常会被批量采样方法掩蔽的细胞间差异
单细胞测序与分析工作流程
单细胞测序可以揭示存在的细胞类型，以及单个细胞对复杂生物系统功能的影响。了解如何使用Illumina工作流程（从单细胞制备到分析）进行单细胞测序。
单细胞RNA数据分析
DRAGEN Bio-IT平台现在具有单细胞RNA流程，能够输出细胞基因表达矩阵，作为下游单细胞分析的起点。
主要特点包括：
- 超快速：约8000个细胞超过10亿read的分析时间少于40分钟**
- 广泛兼容：支持各种起始文库类型，输出通用的细胞基因表达矩阵，兼容下游分析工具
- 高效：一个工具即可完成从BCL文件到每个细胞表达定量的过程
单细胞RNA测序推动对发育生物学的理解
Cole Trapnell博士是TopHat、Cufflinks和其他广泛使用的生物信息学工具的主要开发人员。他与我们分享了他对理解细胞谱系的重要性的看法、所在实验室进行单细胞RNA测序的经验以及他对组合标签的应用。
阅读访谈录
单细胞测序应用
单细胞测序的考虑因素、趋势和未来
NIHR盖伊和圣托马斯生物医学研究中心的实验室正在采用Illumina的技术进行单细胞基因组学研究，研究范围包括克罗恩病、花生过敏、细胞疗法、免疫疗法等。
单细胞RNA测序在免疫疗法研究中的应用
MD安德森癌症中心的Swetha Anandhan与Illumina及10x Genomics一起参加了此次在线讲座。她着重介绍了如何使用单细胞RNA测序来鉴定多形性胶质母细胞瘤中独特的巨噬细胞群，这群细胞在采用免疫检查点抑制剂治疗后仍然存在。
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高通量和低通量方法
单细胞测序的方法可分为高通量方法和低通量方法。低通量方法采用机械操作或细胞分选/分离技术，每次实验可以处理几十到几百个细胞。
微流体技术的最新进展使高通量单细胞分析成为可能，利用该技术，研究人员可以在一次实验中经济有效地检测数百至数万个细胞。高通量测序和低通量测序方法均使用了Illumina边合成边测序（SBS）技术，该技术是最广泛采用的NGS技术，产生了全世界约90%的测序数据。*
超低起始量和单细胞RNA-Seq的高通量工作流程
Illumina Bio-Rad Single-Cell RNA Sequencing Solution将高度创新的Bio-Rad Droplet Digital™技术（ddSEQ™）与Illumina NGS文库制备、测序及分析技术相结合。通过这个灵敏、可扩展、高性价比的高通量工作流程，深入了解基因表达。
超低起始量和单细胞RNA-Seq的低通量工作流程
推荐以下低通量方法给想要在特定研究中处理少量细胞的研究人员，比如一次实验处理几十到几百个细胞。
相关解决方案
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其他资源
Illumina Bio-Rad单细胞测序解决方案
利用这个用户友好型方案进行基因表达研究来分析数百至数万个单细胞的转录组。
外周血单核细胞的单细胞RNA测序
深入了解单个细胞如何影响复杂组织（如外周血）的功能。
利用单细胞RNA-Seq进行干细胞研究
了解单细胞测序如何改变我们对干细胞发育的看法。
单细胞RNA-Seq、网络和记忆
TGen的研究人员利用单细胞RNA测序来了解单个神经元如何参与记忆形成。
*根据Illumina公司2015年存档数据计算
**根据Illumina公司2020年存档数据计算
**根据Illumina公司2020年存档数据计算