染色质转座酶可及性测序分析(ATAC-Seq)是确定全基因组范围内的染色质可及性的常用方法。ATAC-Seq可以对开放的染色质区域进行测序,并以此来帮助您了解染色质包装和其他因素如何影响基因的表达。
ATAC-Seq方法不需要事先了解调控元件,是一种功能强大的表观遗传学发现工具。该方法现已用于更好地了解复杂疾病、胚胎发育、T细胞激活和癌症中的染色质可及性、转录因子结合和基因调控。1,2ATAC-Seq可以在大量细胞或单个细胞上以高分辨率进行。
利用ATAC-Seq进行染色质可及性分析有助于深入了解基因组的调控环境。其常用应用包括:
此外,ATAC-Seq还可以与RNA测序等其他方法相结合,作为多组学方法来研究基因的表达。3后续的实验通常包括ChIP-Seq、Methyl-Seq或Hi-C-Seq,可以进一步表征表观遗传调控的形式。
您可以使用ATAC-Seq来研究复杂或稀有组织中的表观遗传变化,以及细胞群中的表观基因组谱图,这些内容以前在全基因组水平上是无法观察到的。
我们推荐使用以下ATAC-Seq实验方案:Buenrostro J, Wu B, Chang H, Greenleaf W. ATAC-seq: a method for assaying chromatin accessibility genome-wide.Curr Protoc Mol Biol.2015;109:21.29.1-21.29-9.请注意,TDE1酶和缓冲液试剂盒现在可单独从Illumina购得(货号为20034197和20034198)。实验方案中的所有其他步骤(包括酶和缓冲液的浓度)均保持不变。
查看实验方案单细胞ATAC-Seq方法将单细胞的分离和加标签,以及Tn5酶法片段化结合到了一起。Tn5转座酶会使用测序接头来标记开放的染色质区域。然后,标记好的DNA片段会继续进行纯化、扩增和测序。
深入了解单细胞测序根据研究目标的不同,ATAC-Seq所需的最低测序覆盖度也会有所差异。此处的表格提供了一些针对常见应用的建议。
对于ATAC-Seq,我们建议使用双端read。与单端测序相比,双端read提供:
研究目标 | 推荐的测序深度 |
---|---|
鉴别人类样本的开放染色质差异 | ≥ 50 M的双端read |
进行转录因子足迹分析来构建基因调控网络 | >200 M的双端read |
单细胞分析 | 每个细胞核/细胞25–50 K双端read |
由于各个实验的需求可能会有所不同,我们强烈建议您查阅科学文献来确定适合您项目的覆盖度。
Join Dr. Josh Cuperus, Steve Hoffman, PhD, and Adriana Suarez, PhD as they discuss single-cell ATAC-Seq of Arabidopsis thaliana roots to understand chromatin accessibility. They examine the regulatory landscape and provide an analytical framework to infer the regulatory networks that govern plant development.
View WebinarBuenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, et al.Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position.
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