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测序质量分值

测序质量分值简介

测序质量分值用来评估碱基的错误检出率。利用边合成边测序(SBS)技术,read中的每个碱基会得到基于phred样算法1,2与最初为桑格测序实验开发的算法类似)的质量分值。

Sequencing Technology Video
测序技术视频

了解Illumina SBS如何工作。

Q值定义

指定碱基的测序质量分值Q是按照如下公式定义的:

 Q = -10log10(e)

其中e是预估的碱基错误检出率。

  • Q值高,说明错误率低。
  • Q值低,可能会导致不可用read的比例显著增高。还可能导致假阳性变异检出率增加,得出不正确的结论。

如下所示,20的质量分值代表了错误率为1/100,对应的检出准确率为99%。

SBS技术综述

Illumina技术对SBS测序化学进行了优化,支持大规模平行测序。

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测序质量分值与碱基检出精确度的关系
质量分值 碱基的错误检出率 推断的碱基检出精确度
10 (Q10) 1/10 90%
20 (Q20) 1/100 99%
30 (Q30) 1/1000 99.9%

Illumina测序化学过程提供较高的精确度,绝大多数碱基得分在Q30及以上。这种精确度水平是多种测序应用的理想选择,包括临床研究。

了解为何PhiX可以作为Illumina NGS运行中的质控品,进行运行质量监测。

阅读公告

关于测序质量分值的更多深度信息,请阅读如下技术说明:

Scientist sequencing in lab

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参考文献
  1. Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P. (1998): Base-calling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment. Genome Res. 8(3):175-185
  2. Ewing B, Green P. (1998): Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities. Genome Res. 8(3):186-194