新一代测序相较于qPCR的优势

探索能力更强,定量变异的动态范围更宽

NGS vs. qPCR

新一代测序(NGS)技术和qPCR技术的主要差异在于探索能力。虽然两者都具有高灵敏度和可靠的变异检出性能,但qPCR只能检测已知的序列。相反,NGS是一种不需要事先了解序列信息的无假设方法。NGS对新基因的探索能力更强,定量罕见变异和转录本的灵敏度更高。

NGS和qPCR技术在可扩展性和通量方面也有所不同。靶点数量较少时,qPCR是有效的,但是当靶点数量较多时,qPCR的工作流程将非常繁琐。NGS更适合于研究多个靶点或多个样本。一次NGS实验就能以单碱基的分辨率鉴定数千个目标区域的变异。

如何选择靶向NGS与qPCR

了解每种方法的优点与局限性,选择最适合您的方法。

查看PDF
 qPCR靶向NGS
优势
  • 流程熟悉
  • 大多数实验室已购买资本设备
  • 探索能力更强*
  • 样本通量更高
挑战
  • 只能检测有限的变异
  • 几乎没有探索能力
  • 可扩展性低
  • 对少量靶点(1–20个)的测序不够经济
  • 对少量靶点(1–20个)的测序不够快速

* 探索能力为鉴定新型变异的能力。

NGS相较于qPCR的成本效益

“很明显,通过鉴定变异来开展基因关联研究存在随机性。这就像钓鱼一样。我们意识到,NGS能使我们同时对基因组中更多的区域进行研究。”

Linda S. Pescatello博士
康涅狄格大学运动机能学杰出教授

While qRT-PCR is useful for quantifying the expression of a few genes, it can only detect known sequences. In contrast, RNA sequencing (RNA-Seq) using NGS can detect both known and novel transcripts. Because RNA-Seq does not require predesigned probes, the data sets are unbiased, allowing for hypothesis-free experimental design.

For read-counting methods, such as gene expression profiling, the digital nature of NGS allows a virtually unlimited dynamic range. RNA-Seq quantifies individual sequence reads aligned to a reference sequence, producing absolute rather than relative expression values. This broad dynamic range enables detection of subtle changes in expression, down to 10%. Beyond quantifying gene expression, RNA-Seq can identify novel transcripts, alternatively spliced isoforms, splice sites, and small and noncoding RNA.1,2

Read Application Note
NGS vs. qPCR
RNA-Seq vs. qPCR for Differential Gene Expression

An Illumina scientist evaluates how custom targeted RNA-Seq compares to qPCR for differential gene expression analysis.

View Video

虽然qRT-PCR可以对少数基因的表达进行定量分析,但它只能检测已知的序列。而使用NGS进行RNA测序(RNA-Seq)可以同时检测已知的和新的转录本。由于RNA-Seq不需要预先设计探针,所以能够获得无偏向的数据集,允许进行无假设的实验设计。

新一代测序的数字化特性,可让诸如基因表达图谱分析之类的read计数方法实现近乎无限的动态范围。RNA-Seq可以对比对到参考序列的单个测序read进行定量,生成绝对表达值而不是相对表达值。这种宽动态范围可以检测表达低至10%的细微变化。除了定量基因表达,RNA-Seq还可以识别新的转录本、选择性剪接异构体、剪接位点、小RNA和非编码RNA。1,2

RNA-Seq与qPCR在探索生物标记方面的差异

从qRT-PCR转换至RNA-Seq后,Bosiljka Tasic博士能够鉴定以前从未发现的标记。

阅读访谈录

需要根据样本数量、目标区域的序列总数、预算和研究目标等因素选择使用NGS还是qPCR。当目标区域数量较少(≤20个),且研究目标仅限于筛查或鉴定已知变异时,qPCR通常是不错的选择。其他情况下则NGS更能满足您的需求。与传统的反复检测方法相比,靶向NGS可以同时对多个样本中的多个基因进行测序,节省时间和资源。NGS的探索能力也更强,支持新型变异的检测。

靶向重测序指南

与qPCR和其他传统方法相比,靶向NGS可以帮助您获得更多信息,节省时间,增加结果的可信度。

下载指南
新一代测序新手指南

想将新一代测序引入您的实验室,但又不确定从何开始?这些资源涵盖了NGS的核心主题,可以帮助您规划第一次实验。

开始
新一代测序新手指南
与血压和运动有关的遗传变异

意识到使用qPCR基因分型获得的结果具有“随机性”后,研究人员开始考虑使用NGS,NGS能让他们检测基因组中更多的区域。

阅读访谈录
靶向RNA表达分析

Frank Middleton博士使用RNA-Seq在一次运行中分析了370个感兴趣的基因,如果使用定制的qPCR或qPCR芯片,这项研究的成本将会很高。

阅读访谈录
靶向重测序
靶向重测序

通过靶向重测序,可以分离出一部分基因或基因组区域并进行测序,从而节约实验室资源。深入了解靶向重测序

靶向RNA测序
全基因组测序的优势

靶向RNA-Seq允许研究人员测序感兴趣的特定转录本,并提供定性和定量信息。深入了解靶向RNA-Seq

希望收到有关基因组学分析技术的快讯、案例研究和信息?请输入您的电子邮箱地址。
测序技术视频
测序技术视频

查看Illumina测序技术视频,了解它的工作原理。

查看视频
深度NGS简介
深度NGS简介

本概述详细介绍了主要技术进展、Illumina测序化学过程的基本知识等等。

查看PDF
从全球视角看新一代测序的影响
从全球视角看新一代测序的影响

世界各地的科学家们分享了NGS如何彻底改变其研究领域,使以前不可能进行的研究成为可能。

View Video
使用RNA-Seq进行基因表达图谱分析
使用RNA-Seq进行基因表达图谱分析

本电子书介绍了基因组学在基因表达和调控研究中的应用。

Download eBook
简单的、面向生物学家的NGS数据分析
简单的、面向生物学家的NGS数据分析

牛津大学的一个实验室使用了BaseSpace Sequence Hub来管理数据分析,该方法不需要具备相关经验的生物信息学家。

阅读访谈
BaseSpace Sequence Hub的优势
BaseSpace Sequence Hub的优势

我们的信息学平台能让研究人员轻松地设置和监控运行,分析数据并与合作者共享数据。

Access PDF
参考文献
  1. Ozsolak F, Milos PM.RNA-Sequencing: advances, challenges and opportunities.Nat Rev Genet.2011;12:87-98.
  2. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.Nat Rev Genet.2009;10:57-63.