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冠状病毒软件

A Robust and Efficient Coronavirus Software Suite

可靠高效的冠状病毒软件套装

为支持研究人员分析和分享与严重急性呼吸道综合征冠状病毒爆发相关的基因组数据,Illumina发布了Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit,为该病毒的研究人员提供了一种新的数据分析工具和功能套装。

研究人员通过使用这些工具,能够更容易地检测和鉴定样本中的SARS-CoV-2病毒序列,并能将发现共享至重要的公共数据库。

See how our software tools help:

Viral detection and identification

Clinical applications

Host response studies

Workflow management

Illumina SARS-Cov-2 NGS Data Toolkit
检测和鉴定 共享与合作
DRAGEN Metagenomocs 新的 DRAGEN RNA Pathogen Detection App DRAGEN Metagenomocs SRA Import App
DRAGEN Metagenomocs 新的DRAGEN Metagenomics App DRAGEN Metagenomocs 新的GISAID Submission App
Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit可在BaseSpace Sequence Hub上获取。DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline和DRAGEN Metagenomics Pipeline也将于未来几周内在DRAGEN Server上上线。

关于Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

该冠状病毒检测和鉴定软件现免费供研究团体使用,您可在BaseSpace Sequence Hub上获取。软件工具包中包含多种基于Illumina DRAGEN Bio-IT Platform构建的工具和多种BaseSpace Sequence Hub上的数据提交应用,可帮助研究人员无缝地将发现提交至公开数据库。

DRAGEN
                    Metagenomics Pipeline

DRAGEN冠状病毒软件工具

Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit在不断升级发布新的DRAGEN功能,力求充分利用DRAGEN的速度和准确度来加速对传染性疾病的监测和对病毒爆发的响应。工具包中包含DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline和DRAGEN Metagenomics Pipeline,分别用于检测传染性疾病和监测病毒的爆发。DRAGEN冠状病毒工具现可在BaseSpace Sequence Hub上获取,从2020年5月起也将在DRAGEN Server上上线。关于利用DRAGEN Platform检测和鉴定冠状病毒的更多信息,请访问此处

DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline for Infectious Disease Detection

升级版DRAGEN RNA Pipeline现已上线,其利用基于覆盖度和k-mer的方法,进一步加速了高效的病毒病原体检测。新流程适用于任意DRAGEN RNA-Seq Pipeline运行中的SARS-CoV-2检测,无论使用的是哪种应用。新流程的特点包括:

  • 利用基于覆盖度和k-mer的方法检测病毒病原体,实现全面的检测
  • 兼容Illumina呼吸道病毒靶向富集工作流程
  • 用人参考基因组(hg38)和选定的病毒参考序列作为人和病毒参考序列
  • 集成了FASTA文件生成工具,可将数据上传到公共数据库如GISAID

升级版DRAGEN RNA Pathogen Detection App现可在BaseSpace Sequence Hub上获取,数周后也将在DRAGEN Server上上线。如需了解更多详细信息,请访问此处

用于监测病毒爆发的DRAGEN Metagenomics Pipeline

新DRAGEN Metagenomics Pipeline适用于快速简单地检测鸟枪法宏基因组样本中的种属水平。该流程属于宏基因组类的工作流程,能够以高灵敏度和特异性检测和定量SARS-CoV-2序列,同时能提供其他常见病毒和微生物病原体的读数。

该流程利用的是升级后的数据库,其中包含了多种冠状病毒的特异read,流程最后能输出多种类型的结果,包括Krona图、生物检测和QC报告。BaseSpace上的DRAGEN Metagenomics App能够同时分析多个不同样本,赋予了研究人员研究病毒簇的能力。如需了解更多信息,请访问此处

以下是使用BaseSpace Sequence Hub上的DRAGEN Metagenomics App得到的两例结果:

Krona分类图
生物检测图

 

A Robust and Efficient Coronavirus Software Suite

Coronavirus Software for Clinical Applications

For users looking to generate clinical reporting of SARS-CoV-2 detection to diagnose COVID-19 in symptomatic patients, the DRAGEN COVIDSeq Test Pipeline is used in conjunction with the Illumina COVIDSeq Test.

For users looking to generate clinical reports for shotgun metagenomics or for the respiratory virus oligo panel, IDbyDNA delivers simple, powerful bioinformatics software to turn the data generated by our sequencers into actionable insights. IDbyDNA’s proven, automated Explify platform analysis supports the detection of 35 respiratory viruses, including genomic characterization of SARS-CoV-2. Contact IDbyDNA Client Services at 833-397-5439 or clientservices@idbydna.com to learn more.

 

Comprehensive Workflow Management and Sample Tracking Through BaseSpace Clarity LIMS

Correlation Engine for Host Response Studies

Illumina is delivering a free, collaborative environment to the COVID-19 research community to better understand critical factors that regulate the host response and help identify biomarkers for potential treatments.

How Correlation Engine can advance your research:

  • Putting it into context: Correlation Engine mines thousands of genomic studies, enabling researchers to integrate their data with the world’s genomic knowledge base to generate data-driven answers.
  • Accelerating research: Reduce time to discovery by leveraging Correlation Engine to query thousands of studies instantaneously, enabling researchers to validate hypotheses by making data-driven queries in real time
  • Staying current: Illumina has a dedicated team committed to updating Correlation Engine with curated COVID-19 data, and welcomes members of the research community to contribute their findings to help advance COVID-19 research.
  • Integration: Correlation Engine is an integrated extension of Illumina’s full stack of transcriptomic products to help researchers seamlessly navigate from sample to answer.
  • Collaboration: When it comes to the fight against COVID-19, we’re all in this together. Correlation Engine enables researchers to contribute and share their data with the research community to advance our understanding of COVID-19 host response.

Learn More About Correlation Engine
Start a Free Trial

About the Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

研究人员可使用Clarity LIMS处理样本。测序完成后,研究人员可以利用新工具包将数据自动传输至BaseSpace Sequence Hub。

为SARS-CoV-2检测提供端到端的解决方案

Illumina全面、集成的工作流程,使利用NGS检测和鉴定SARS-CoV-2变得更加简单。

新工具包兼容Illumina呼吸道病毒靶向富集工作流程,因此研究人员能够直接将数据从我们所有系列的测序仪中安全传输至BaseSpace Sequence Hub,然后使用DRAGEN RNA Pathogen Detection App进行快速、全面的分析。分析完成后,研究人员可以直接将数据从BaseSpace Sequence Hub提交至全球流感共享数据库(GISAID)。

如果研究人员想要提高实验室效率,可以使用Clarity LIMS来追踪和监控COVID-19样本,获得全面的端到端的解决方案。

Comprehensive Workflow Management and Sample Tracking Through BaseSpace Clarity LIMS

Clarity LIMS呼吸道病毒检测工作流程

利用BaseSpace Clarity LIMS加速全面的流程管理和样本追踪

BaseSpace Clarity LIMS新增了两个工作流程:

  1. 基于CDC建议建立的CDC COVID-19 RT-PCR工作流程
  2. 使用Nextera Flex for Enrichment文库制备试剂盒进行的呼吸道病毒检测工作流程

这两个新的工作流程可帮助确保样本可用于分析,从而使实验室能够迅速开始处理冠状病毒样本,包括样本登记、文库制备和对测序运行进行QC。

关于Clarity LIMS COVID-19工具的更多信息,请访问我们的软件博客

助力一线英雄战胜疫情

我们的测序解决方案被用于追踪病毒传播、监测病毒爆发和开发疫苗。

我们如何助力抗击COVID-19
Easy and Secure Sharing, Collaboration, and Submission to Public Databases

方便安全的共享、合作以及数据提交

BaseSpace Sequence Hub旨在支持研究小组之间进行经过审查的安全的协作。通过工作组等团队之间的数据管理和共享功能,您无需下载文件即可安全地与协作者共享项目、开展分析。

新工具包中有多种BaseSpace Sequence Hub上新升级的合作应用。新的GISAID Submission App支持VCF或FASTA等多种文件以及相同样本的元数据CSV文件。该应用会首先进行数据验证,之后再提交至GISAID进行进一步QA和处理。

下载BaseSpace安全和隐私信息

如何获取Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

您可在BaseSpace Sequence Hub上获取完整的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit。升级版DRAGEN COVID-19工具也将在DRAGEN Server上上线,并将通过DRAGEN API向开发人员开放。*

BaseSpace Sequence Hub上的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit

研究人员现在就可以在BaseSpace Sequence Hub上免费使用Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit,有效期至2020年10月31日。研究人员可以直接将数据从仪器传输到BaseSpace安全的云端环境中,一键式使用整个工具包。

深入了解BaseSpace
面向开发者的DRAGEN冠状病毒工具

DRAGEN API专为希望在云端进行自动化分析的大规模研究中心设计。该API基于Amazon Web服务构建。用户可以调用一个简单的API端点,用自己的AWS S3存储器传输、处理和提交冠状病毒样本数据。

如欲抢先体验DRAGEN API上新的DRAGEN冠状病毒工具,请填写下表。

Featured Products

BaseSpace Sequence Hub and iCredits

The BaseSpace Sequence Hub is powered by Amazon Web Services and enables you to manage and analyze your data easily with a curated set of analysis apps. iCredits are a new form of currency used to purchase Illumina genomic data storage and analysis options.

DRAGEN Bio-IT Platform

The Illumina DRAGEN Bio-IT Platform provides accurate, ultra-rapid secondary analysis of sequencing data.

NextSeq 1000/2000 Systems and Reagents

The NextSeq 1000 and NextSeq 2000 Systems support emerging and mid-throughput sequencing applications as well as a broad range of methods such as exome sequencing, target enrichment, single-cell profiling, transcriptome sequencing, and more.

如欲申请使用DRAGEN API,请填写下表。
The Illumina Community

其他软件工具

靶向富集流程

DRAGEN Enrichment Pipeline也可用于检测和鉴定SARS-CoV-2。现可在BaseSpace Sequence Hub上以极低的单位样本价格获取该流程,也可从DRAGEN Server上获取。

了解更多

*BaseSpace Sequence Hub SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit可免费试用6个月,有效期至2020年10月31日。同时,Illumina为COVID-19研究人员提供1年的Clarity LIMS免费试用资格。