可用于多种数据分析选项的序列文件格式

我们提供多种用于序列数据下游分析的格式

序列文件格式

我们提供多种用于下游分析的序列数据选项,可将数据转换为兼容的序列文件格式。为将数据方便地导入BaseSpace Sequence Hub,可对测序系统进行针对设计,以进行进一步分析和合作。

对于关注其他分析选项的用户,原始数据采用兼容或方便转换的序列文件格式提供,以用于其他软件平台。

NextSeq、HiSeq和NovaSeq测序系统生成二进制碱基检出(BCL)格式的原始数据文件。此序列文件格式需要转换为FASTQ格式以用于用户开发的或第三方数据分析工具。

Illumina提供bcl2fastq转换软件用于转换BCL文件。bcl2fastq包含在独立的转换软件中,可分离数据并将BCL文件转换为标准FASTQ文件格式以用于下游分析。

深入了解bcl2fastq软件

FASTQ是基于文本的序列文件格式,可储存原始数据和质量评分。FASTQ文件已成为储存Illumina测序系统的NGS数据的标准格式,可用作多种二级数据分析解决方案的输入。

MiniSeq和MiSeq测序系统提供自动将数据从BCL转换为FASTQ格式的选项,因此不需要单独的转换软件。

FASTQ是数据分析的起始格式;但是,BaseSpace Sequence Hub也可以创建常用于中级和高级分析程序的文件格式。

在NGS数据的中级和高级分析中,BaseSpace Informatics Suite的软件平台和应用程序通常将原始数据从FASTQ文件转换为其他序列文件格式(即,.vcf、.bam),这是分析工作流程的一部分。

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