可靠、无偏倚的转录分析

利用新一代RNA-Seq研究微生物转录组和宏转录组

微生物转录组学

微生物转录组和宏转录组信息对于预测特定抗生素的耐药性,了解宿主-病原体免疫相互作用,量化基因表达变化以及追踪疾病进展具有重要意义。细菌、病毒和其他微生物的新一代RNA测序(RNA-Seq)已经成为分析转录组和宏转录组信息的标准方法。

转录组是生物体基因组编码的全部RNA的集合。宏转录组为复杂样本中一群生物编码的全部RNA的集合。

对细菌、病毒及其他微生物进行RNA-Seq能够对广泛的微生物转录本进行注释和定量。提取细胞RNA并将其转换为cDNA,用于测序文库的制备。然后,将序列read与参考基因组进行比对,提供有关外显子连接和剪接位点等特征的定性信息,以及可与多个实验集进行比较的定量转录本数据。

与芯片等基于杂交的方法不同,RNA-Seq能够无偏差地对常见和新型转录本进行链特异性鉴定。广泛的动态范围使我们能够在单个细菌、病毒或其他微生物RNA-Seq实验中确定高表达和低表达的基因。可以使用适合自动化的一体化工作流程一次处理多个样本。

Microbial Transcriptomics with rRNA Depletion

The Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit removes rRNA before RNA-Seq, enabling you to focus on high-value portions of the transcriptome. This technical note demonstrates rRNA depletion performance on microbial isolate and community samples, while comparing against previous kit versions.

Read Technical Note
Microbial Transcriptomics with rRNA Depletion

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有多种方法可以开展这类实验,但工作流程的每个步骤都有一些推荐使用的产品。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

QuickExtract RNA Extraction Kit

用于提取贴壁细胞和悬浮细胞RNA的简便方法。

注意:如果使用TruSeq RNA文库制备试剂盒,您将不需要提取RNA并转录为cDNA。如果您使用RNA提取试剂盒,您需要生成dsDNA模板,与Nextera XT一起使用。

MasterPure Complete DNA and RNA Purification Kit

同步的DNA或RNA纯化,可用于多种应用,包括基因组文库制备。

TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit

简便、经济、可扩展的总RNA分析解决方案。

注意:如果使用TruSeq RNA文库制备试剂盒,您将不需要提取RNA并转录为cDNA。

Nextera XT Library Prep Kit

制备细菌、病毒和其他微生物的可直接用于测序的文库,用于分析转录组和宏转录组信息。

注意:如果您使用RNA提取试剂盒,您需要生成dsDNA模板。

台式测序系统

MiSeq系统

快速、准确、简便,适用于微生物学的深层次应用。

NextSeq 550系统

灵活的台式测序仪,可用于外显子组、转录组和全基因组测序。

高通量测序
具有高通量微生物转录组学的强大功能,可根据您的项目或工作流程需要灵活改变规模。

HiSeq 4000系统

高通量、低成本,可以进行大规模基因组测序。

BaseSpace App,用于转录本分析

RNA-Seq Alignment

进行read比对、FPKM估算、新转录本的组装和变异检出。

Cufflinks Assembly & DE

使用Cuffdiff 2算法对新型和参考转录本进行差异表达分析。

DESeq2

使用DESeq2算法对参考基因进行差异表达分析。

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