什么是16S和ITS rRNA测序?
16S和ITS rRNA测序（内部转录间隔区核糖体RNA测序）是常用的扩增子测序方法，可用于鉴定和比较给定样本中的细菌或真菌。基于NGS的ITS和16S rRNA基因测序可比较来自复合微生物组或环境中难以研究甚至不可能研究的样本的系统发育和分类，它们都是该应用领域的成熟方法。
原核生物的16S rRNA基因长约1500 bp，包含9个散布在保守区域之间的可变区。16S rRNA的可变区经常用于不同微生物群落的属或种系统进化分类。1 rRNA顺反子的ITS1区域是鉴定宏基因组样本中真菌物种的常用DNA标记。2
16S测序方法指南
与毛细管测序或基于PCR的方法相比，基于扩增子的16S基因的新一代测序具有多个优势。通过本16S测序方法指南了解其工作原理。
基于NGS的ITS和16S rRNA分析的优势
16S和ITS核糖体RNA NGS方法的一个主要优点是它们提供了一种经济高效的技术，可以鉴定传统方法可能无法发现的菌株。与毛细管测序或基于PCR的方法不同，新一代测序无需培养即可分析样本中的整个微生物群落。
微生物学家通过16S rRNA NGS可以将菌群宏基因组学研究的灵敏度提升至属水平。使用NGS进行ITS分析可以快速鉴定真菌，有助于我们深入了解真菌微生物组。此外，NGS还能在单次测序运行中分析多个样本。
16S和ITS测序研究案例
The Mysterious World of Microbes
Phil Hugenholtz, PhD explains the difference between 16S rRNA and shotgun metagenomic sequencing, and describes how NGS has made a difference in his research.
阅读访谈录
16S和ITS rRNA测序的工作流程演示
Illumina提供支持16S和ITS rRNA测序的产品，从文库制备到数据分析和解读。我们演示的工作流程可以帮助您消除实验中的相关猜测。
点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。
Nextera XT v2 Index Kit
多重样本可以提高样本通量。
MiSeq v3 Reagent Kit
改进了测序化学技术，提高了簇密度和读长。这款600个循环的试剂盒非常适合16S rRNA测序。
MiSeq v2 Reagent Kit生成的数据量多达7.5 Gb。这款500个循环的试剂盒适用于16S rRNA测序，可以产生多达1500万条read。
使用BaseSpace Apps进行分类学分类
16S Metagenomics利用Illumina审核的GreenGenes分类数据库对16S rRNA靶向扩增子read进行分类学分类。
Kraken宏基因组学使用精准k-mer比对和新颖的分类算法，将分类学标签高度灵敏地快速分配给短DNA序列。
ITS宏基因组学使用UNITE分类数据库对真菌rRNA靶向扩增子read进行分类学分类。
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参考文献
- Weisburg WG, Barns SM, Pelletier DA, Lane DJ. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. J Bacteriol. 1991;173(2):697–703
- Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proc Natl Acad Sci. 2012;109(16):6241-6
- The Human Microbiome Project Consortium (2012) Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature 486:207–14.
- McCafferty J, Mühlbauer M, Gharaibeh RZ, Arthur JC, Perez-Chanona E., et al. (2013) Stochastic changes over time and not founder effects drive cage effects in microbial community assembly in a mouse model. ISME Journal doi: 10.1038/ismej.2013.106.