From Genetic Variants to Physical Traits
Animal and plant genotyping has become a mainstay of modern agricultural research. Illumina microarrays enable high-throughput screening of known genetic markers to inform selection and breeding decisions. Array-based studies can also be used to discovery novel associations between SNP (single nucleotide polymorphism) markers and traits or diseases.
Plant and Animal Genotyping Methods
精细作图和候选基因区域的基因分型
动植物基因分型可用于创建精细图谱和/或检验基因型-表型假说。结果可用于开展数量性状位点（QTL）分析，以鉴定差异基因表达如何导致表型差异。
拷贝数变异
拷贝数变异（CNV）作为一种常见的天然多样性特征，也是遗传的，并且在农业基因组学中发挥重要作用。CNV的差异与健康和生产性状相关联，也导致了表型的多样性。高密度分布的探针可用于鉴定CNV断点，并最终加速遗传改良工作。研究者仍在确定CNV的影响是关键基因片段的拷贝数差异的结果，还是基因组结构修饰的结果，还是与二者都相关。
定制的动植物基因分型
并非每一个非人类物种都经过大量的遗传研究，这导致某些植物和动物缺乏商业化的基因分型芯片。Illumina提供利用感兴趣物种已发现位点来定制的芯片试剂盒，从而让基因分型研究能够鉴定出与所需的表型性状相关联的变异。通过与大型农业基因组学联盟的不断合作，Illumina的技术正被用于鉴定大量物种的相关新标记。
全基因组关联分析
整个基因组的关联作图让人们深入了解将性状与物种的适应（如各种各样的环境条件）相关联的基因位置与结构。这些研究的结果支持植物和动物全基因组选择应用（指纹、净价值和分子标记辅助育种），能增强经济作物和牲畜的价值。Illumina提供商业化芯片，定制芯片以及半定制芯片。
